Sau khi ông qua đời năm 1876, bộ sưu tập vi sinh vật khổng lồ của ông được lưu trữ ở Bảo tàng für Naturkunde tại Đại học Berlin. "Bộ sưu tập Ehrenberg" bao gồm 40.000 tiêu bản vi sinh vật, 5.000 mẫu vật thô, 3.000 bút chì và dụng cụ vẽ, và gần 1.000 lá thư tín. Bộ sưu tập các loài bò cạp, và nhện từ Trung Đông, hiện được lưu giữ tại Bảo tàng Berlin.

Ông cũng là người đầu tiên được trao huy chương Leeuwenhoek năm 1877.

Ở quê nhà của ông, Delitzsch, Trường cấp A cao nhất, "Ehrenberg-Gymnasium" được đặt theo tên ông. Học sinh xuất sắc nhất của trường hằng năm được nhận Giải thưởng Ehrenberg Prize và một học bổng.